根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為，二級和三級三種類型。生物安全柜可保護工作人員和環(huán)境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。將外排氣流過濾進而防止微生物氣型膠擴散造成污染。生物安全柜本身無風機，依賴外接外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。
    二級生物安全柜是目前應用為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國藥行業(yè)標準YY0569-2005生物安全柜》中的規(guī)定，二級生物安全柜依照入口氣流風速，排氣方式和循環(huán)方式可分為四個：A1型 A2型 B1型和B2型。所有的二級生物安全柜都可工作人員，環(huán)境和產品的保護。
    A1氣流速度小量或測量平均值應少為0.38m/s.無內部循環(huán)氣流，的氣體通過口過濾排出。
    A2型安全柜前窗氣流速度小量或測量平均值應少為0.5m/s.70%氣體通過HEPA過濾器再循環(huán)工作 區(qū)，30%的氣體通過口過濾排出。
    二級B型生物安全柜為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏入實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應少為0.5m/s(100fpm)
    B1型70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環(huán)工作區(qū)。
    B2型為全排型安全柜，無內部循環(huán)氣流，可同時生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發(fā)性化學品和揮發(fā)性核放射物作為添加劑的微生物實驗。
三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體氣密，工作人員通過連接在柜體中的手套進行操作，俗稱手套箱，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS,埃博拉病毒相關實驗等。
    根據生物安全柜的強制性行業(yè)標準《中華人民共和國藥行業(yè)標準YY0569-2005生物安全柜》規(guī)定，只有獲得國家食品藥品監(jiān)督管理局頒發(fā)的三類器械注冊證的產品才能真正保護操作人員，實驗室環(huán)境和操作樣本。

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